Zum Ausgleich des Mineralmangels zog Schüssler die fehlenden Stoffe heran, die er in extrem abgeschwächter, nahezu homöopathischer Form und unter dem Namen Schüssler Salze an seine Patienten verabreichte. Er ging insgesamt von zwölf heilenden Mineralien aus. Nach Schüsslers Tod entwickelten Anhänger seiner Therapieform weitere 15 Schüssler Salze. Jedem der insgesamt 27 Schüssler Salze kommt eine bestimmte Funktion und Wirkweise zu.
Das Schüssler Salz Nr. 2 (Calcium Phosphoricum) soll beispielsweise dem Aufbau und Erhalt von Knochen und Zähnen dienen. Am bekanntesten ist das Schüssler Salz 7 (Magnesium phosphoricum). Es gilt als das Schmerzmittel unter den Schüssler Salzen und wird bei krampfartigen Schmerzen, wie beispielsweise Magenkrämpfen, Krampfhusten, und Menstruationskrämpfen angewendet.